Алексеев относится к «первому призыву» членов кабмина губернатора Виктора Назарова (вступил в должность в июне 2012 года). Претензий глава региона не высказывал ни министерству в целом, ни главе ведомства лично. Лишь оппозиционные СМИ ставили в упрек Алексееву старые земельные сделки в Омском районе (Сергей Алексеев был главой района с марта 2009 года до назначения министром).
Исполняющим обязанности главы минобразования Омской области назначена Татьяна Дернова, первый замминистра.